De acuerdo a Cañadas, L. (1983) las formaciones ecológicas presentes en la Parroquia son Bosque Muy Húmedo Premontano, Bosque Húmedo Premontano, Bosque Húmedo Montano Bajo y Bosque Muy Húmedo Montano cuyo equivalente son Bosque siempreverde estacional de tierras bajas del Jama-Zapotillo, Bosque siempreverde estacional piemontano de Cordillera Occidental de los Andes, Bosque siempreverde montano bajo de Cordillera Occidental de los Andes y Bosque siempreverde montano de Cordillera Occidental de los Andes según la clasificación actual que mantiene el Ministerio del Ambiente.

  El servicio ambiental que brinda este ecosistema está relacionado con la preservación del recurso hídrico en la zona baja de Chontamarca.

 Este ecosistema constituye el 24% el territorio parroquial y actualmente está amenazado por la deforestación.

 Es necesario que la parroquia, sus pobladores y autoridades tomen medidas preventivas y de conservación para detener la deforestación no solo desde la normatividad sino también desde las alternativas productivas.

Recursos naturales degradados o en proceso de degradación y sus causas.

El suelo, agua y vegetación son los principales recursos naturales que están bajo presión, afectando a la fauna y flora existente así como los productos y servicios ambientales del bosque.  El avance de la frontera agrícola es la principal causa de la afectación sumada a la falta inicial de procesos de regulación y ordenamiento del territorio, así como una incipiente gestión social de los recursos naturales

FLORA.

En el territorio ocupan 12265,93 ha. (54,2%), constituyen las áreas cuya potencialidad está orientada hacia la conservación natural de la vegetación existente, la restauración y regeneración del suelo degradado y, explotación productiva de tipo forestal. Comprenden las zonas de aptitud claramente forestal, pero cuya explotación maderable debe ser de carácter extensivo, es decir con manejo controlado.

De acuerdo a las características físicas que determinan el tipo e intensidad de la explotación, son diferenciadas las siguientes dos subcategorías:  

  Áreas forestales de usos restringidos (protección-producción extensiva),

  Áreas de reforestación para usos restringidos (producción-protección - extensiva). 

Áreas forestales de usos restringidos (protección- producción extensiva)

Comprenden las áreas boscosas actuales del piso montano bajo y pre-montano, ubicadas en las vertientes de la cordillera occidental hacia la costa bajo los 3.200 msnm. Son áreas en donde la heterogeneidad del relieve exige que en los sectores de mayor irregularidad (pendientes > a 70%), sea imperiosa la protección del bosque existente. Por lo tanto utilización se restringe a la extracción de productos no maderables. En cambio, los sectores más regulares,  la explotación forestal debe ser de tipo extensivo sea de productos maderables o no maderables.

Áreas de reforestación para usos restringidos (producción-protección extensiva)

Corresponden a las áreas de ladera que presentan una aptitud forestal, producción de tipo extensivo, pero que actualmente se hallan bajo otro tipo de explotación (agrícola o pecuaria), áreas degradadas, o coberturas vegetales secundarias.

Estas zonas requieren de un proceso de recuperación de la vegetación arbórea, mediante procesos  de reforestación, enriquecimiento del bosque y/o regeneración natural, para posteriormente destinarla a la protección en los ecosistemas más frágiles y a usos forestales maderables y/o no maderables de carácter extensivo.

Iniciativas tradicionales de agroforestería

La mayor parte de la población de la parroquia Chontamarca constituye el grupo étnico perteneciente a la nacionalidad Kichwa. Cada uno de ellos ha aprendido a adaptarse a su medio geográfico y natural logrando finalmente, aprovechar las bondades y dificultades que presenta los Andes. Como ejemplo podemos mencionar las heladas que para muchos agricultores se ha convertido en una pesadilla. Pero las comunidades han logrado vencer esta situación a través de un manejo diversificado de productos logrando así, una variedad de especies que ayudan en gran manera, a mantener y a perpetuar la diversidad genética de los agro-ecosistemas de montaña.

FLORA IMPORTANTE EN LA ZONA:

Achiote, Aguacate, Aliso de la costa, Amarillo, Bálsamo, Bambuco, Banano, Barbasco, Bijao, Cacao, Café, Caña de azúcar, Caña guadua, Cedro, Chilca, Chirimoya, Ciruelo, Figueroa, Guaba, Guarumo, Helecho, Higuerón, Huaicundo, Laurel, Lechosa, Licopodios, Lima, Limón, Majagua, Mandarina, Maracuya, Matapalo, Melón, Moral, Naranja, Orquídea, Paja toquilla, Palma real, Papa china, Papaya, Pechiche, Platanillo, Plátano verde, Tagua, Teca, Toronja, Uva de monte, Yuca, Zapote de monte, Romerillo, guavisay, olivo, Eucalipto, Ciprés, Pino, Pumamaqui, Chilca negra, chilca blanca.  

FAUNA.

La Fauna en Chontamarca es moderada, debido a que gran cantidad de amínales han desaparecido, ya sea por la tala indiscriminada de bosques, o por la cacería deespiadada, que han hecho de la fauna a nivel nacional se reduzca, salvo ahora que se han implementado políticas de estado para su conservación.

FAUNA EN LA ZONA:

Ardilla, Armadillos, Aulladores, Avispas, Boa constrictor, Buitres, Carpintero, Carpintero de porsocaimesí, Catzo, Chonta o lisa Cigarras, Cimpiés, Flor de balsa, Gallinazo, Gavilán lomirrojo, Golondrina, Golondrina azuliblanca, Guacamayo, Guatusa, Hormigas cotadoras de hoja, Huirac churo, Iguanas, Jilguero común, Jilguero real, Lechuza blanca, Libelulas, Loro cabeza amarilla, Loro carirrojizo, Loro común, Mantis religiosa, Mariposas, Mielero patirrojo, Milpiés, Mirlo acuático, Moscas, Oso mielero, Pájaro brujo, Pájaro paraguas, Perico, Quillico, Quinde coilargo, Quinde herrero, Quinde mosca verde, Quinde soldado, Saltamontes, grillos, langostas, Sapos, Tangara pechihabana, Tordo, Tórtola.